组织设计的有效性是内部控制制度流程体系有效运行的“底盘”保障，除按照实施意见要求，明确专门职能部门或机构统筹内控体系工作职责、落实业务部门内控体系运行责任、加强内控体系监督检查外，同时在组织优化设计时应基于业务流程端到端的全链条思路，在明确管理边界的同时要有效减少组织管理中的“空白地带”，为业务流程有效贯通打好地基，对重要岗位和人员建立健全组织管理机制，使分事行权、分岗设权、分级授权和定期轮岗的管理要求得以固化并有效落地。同时打破以往风险管理、内部控制、合规管理条线分割的思维定式，在组织分工中整合优化风险、内控、合规、监察、审计等职能设计，从而建立起以风险为导向、合规为底线、内控为核心、审计为保障、整改为手段、追责为抓手的风险防控长效机制。

   哈尔滨众森企业管理咨询公司认为， “内部控制是一把手工程”绝非虚言。领导的关注点及态度都具有极强的导向性，内部控制建立与实施方面尤其如此。很多内控失败的案例表明“主要负责人在内部控制中充当甩手掌柜”的做法是行不通的。内部控制是一项复杂的系统性工程，缺少了主要负责人这个强大后盾与有效助推，其他领导或职能部门很难保障该项工作有效开展，甚至说举步维艰也不为过。

内部控制涉及企业经营管理的各个业务层面，因此内部控制各项措施的有效运行都不能采用单点思维，而是需要树立抓运营、促发展、防风险的立体网状思维体系，融合内部控制思维及工具方法，全面优化各项管理制度及业务流程，消除企业运营中的“断头路”和“断头桥”，形成业务流程与管控措施相互咬合与验证，实现组织管理体系与内部控制制度流程体系的一脉相承，上下贯通，在实现组织目标中有效防范风险。